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ECサイトの構築に利用できる補助金について解説!

執筆者 | 4月 29, 2025 | 未分類

はじめに

ECサイトを立ち上げるときに最初にぶつかる壁は「予算」です。とくに小規模事業者やスタートアップの場合、サイト制作費や運営ツール導入費は決して小さくありません。そんなときに強い味方になってくれるのが各種補助金制度です。本記事では、「どの補助金を選べばいいのかわからない」「自社でも本当に対象になるのか不安」という方に向けて、最新の制度概要と活用ポイント をわかりやすく解説します。


ECサイト構築と補助金の基礎知識

なぜ補助金を活用すべきか

  • 制度を使えば制作費の一部が戻り、浮いた資金を広告や物流体制強化に再投資できるため、成長スピードが段違い になります。
  • 交付決定後でなければ着手できないなど独自ルールはあるものの、申請に必要な経営計画書を作る過程で事業コンセプトが磨かれる 効果も期待できます。
  • 採択企業は実績として対外的にアピールできるため、取引先や金融機関からの信用力向上 にもつながります。

国が実施する主な補助金制度

制度名主な目的補助上限額補助率ECサイト費用の扱い最新公募の特徴
小規模事業者持続化補助金販路開拓・業務効率化50~250万円*2/3(赤字企業3/4も可)「ウェブサイト関連費」枠で最大経費の1/4まで賃金引上げ枠など加点要素が拡充 next-engine.net
ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金省力化投資・高度化最大1億円1/2(小規模は2/3)「システム構築費」等に含めれば対象19次公募は2025年2月~4月締切、電子申請必須 portal.monodukuri-hojo.jp
IT導入補助金ITツール導入による業務改善350万円1/2低コストECパッケージ導入も可セキュリティ対策ツール導入要件が追加 next-engine.net

*枠や特例適用で変動します。

小規模事業者持続化補助金

販路開拓をテーマにしているため、「自社オンラインショップを新設して全国から受注を取りたい」というケースと非常に相性が良い 補助金です。申請時には商工会・商工会議所のサポートを受ける仕組みになっており、提出書類のチェックやブラッシュアップをしてもらえるのが心強いポイントです。採択後は経費の支払い証憑をまとめて実績報告を行いますが、クラウド会計ソフトで仕訳を整理しておくと提出がスムーズ です。

ものづくり補助金

本来は設備投資がメインですが、「省力化のために受発注システムをECサイトと連動させる」「高度な検索機能を実装して顧客体験を向上させる」 といったIT投資も対象になり得ます。補助額が大きいぶん審査も厳格で、革新的な取り組みかどうか が評価の鍵です。計画書では「既存フローと比べて何%生産性が上がるか」を具体的な数字で示しましょう。

IT導入補助金

SaaS型カートシステムや決済ゲートウェイなど、比較的ローコストで導入できるツールを利用する場合は最有力 です。ツールは事前に「ITツール登録」されている必要があるため、まずはベンダーに対象か確認してください。


地方自治体が実施する補助金制度

地域限定ですが要件がシンプルで申請書類も少ない ケースが多く、初めての補助金チャレンジには狙い目です。

地域例制度概要補助上限補助率ひとことポイント
首都圏某区独自ECサイト新設・モール初期登録費を補助5万円1/2申請前に「区内事務所を有する」ことが必須
北陸地方某市農産物EC販路開拓支援50万円1/2~1/3既存サイト改修も対象、オンライン広告費も可
九州地方某県ホームページ作成支援10万円1/2事業計画書と見積書のみで申請完了
近畿地方某市EC活用等支援補助20万円2/3キャッシュレス決済導入費も一括申請可能

自治体補助金は公募期間が短い傾向にあります。「毎月初めに自治体公式サイトを確認する」「地元の金融機関経由で情報を得る」 など、アンテナを高く張っておきましょう。


越境ECへのチャレンジを後押しする支援策

海外販売を視野に入れるなら、貿易振興機関が実施している「ジャパンモール」事業 が便利です。自社商品を登録すると、海外のECバイヤーに紹介してもらえます。最低発注数量が少量でも対応してもらえるため、まずはテスト販売から始めたい中小企業にピッタリです。採択されると、現地バイヤーとの商談に同席してアドバイスを受けられる ので、言語や商慣習の不安も軽減できます。


補助金を使うメリットと注意点

  • メリット:経費節減と信用力向上
    補助率2/3の場合、300万円のサイトを作っても実質負担は200万円です。同時に「国の審査を通過した」という事実はひとつの信用指標になります。
  • 注意点:スケジュールの厳守
    交付決定前の発注は原則NGです。見積取得や業者選定は先に進めつつ、着手日は決定通知日以降 に設定しましょう。
  • 注意点:実績報告の準備
    証憑の抜け漏れがあると精算が遅れます。領収書は日付・宛名・金額が明瞭なものを電子保存し、一覧表を同時に作成しておくと後で慌てません

スムーズに申請するためのステップ

  1. 自社課題の棚卸しを行う
    ただ「ECサイトが欲しい」ではなく、「受注処理の手間を〇時間削減」「地域外売上比率を〇%引き上げる」など定量目標を設定します。
  2. 適切な制度を選ぶ
    目標が販路開拓なら小規模事業者持続化補助金、業務自動化を伴うならものづくり補助金、といった具合に制度の目的と自社計画を必ず紐づけ てください。
  3. 見積取得と計画書作成を並行
    見積は複数社から入手し、コストの妥当性を示すと採択率アップにつながります。計画書は第三者が読んでも理解できるよう、図表やフロー図で工程を見える化 するのがコツです。
  4. 商工会・専門家の事前確認
    書類完成後すぐ提出するのではなく、必ず窓口で事前ヒアリングを受けましょう。誤字脱字から経費区分のミスまで、その場で修正できる ためです。
  5. 採択後は速やかに事業開始
    交付決定後はタイムラインがタイトです。制作会社とも早めに共有し、納品・検収・請求の流れをガントチャートで管理 すると安心です。

まとめ

ECサイト構築に利用できる補助金は、国レベルの大型制度から地域密着型の小規模制度まで多種多様 です。制度ごとに目的や補助上限、申請書式が異なるため、まずは自社の課題と計画を整理し、最も合う制度を選びましょう。手続きは確かに増えますが、そのプロセス自体が事業計画を言語化し、ビジネスを一段深く見直す機会 を与えてくれます。

補助金を上手に活用して、費用面のハードルを下げつつ、魅力あるECサイトを構築し、オンラインでの売上拡大を実現してください。読者の皆さんが次に採択通知を手にするのは、もしかすると近い将来かもしれません。

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筆者:Machiko

筆者:Machiko

位置

神戸大学卒、中小企業診断士。システム開発会社にてITコンサルタント業務に従事したのち、Webエンジニア兼・講師として独立。SaaS立ち上げ支援やエンジニアリング支援等を担当しています。Udemyでは、自身が強みを持つ「IT」や「財務会計」「管理会計」「業務効率化」を軸に、スキルアップ術・ノウハウを紹介しています。

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